Le format de compression de musique dont nous avons parlé plus haut nous fournit un exemple intéressant. L'institut Fraunhofer (FI) qui a développé ce format a déposé des brevets sur les algorithmes qu'il utilise. Il a alors permis à tout le monde de développer des logiciels permettant de lire et d'encoder ces fichiers. Le format a ainsi connu un succès exemplaire. FI a alors décidé d'interdire l'utilisation de ses brevets pour écrire des logiciels d'encodage de musique, et exigeait ainsi des royalties. Ceci a rendu impossible la diffusion d'encodeurs libres. Depuis le début de l'année 2001, FI exige une licence de $5000 de la part de toute personne utilisant ses brevets pour diffuser une radio sur Internet. Il est encore possible de décoder des fichiers mp3 gratuitement, mais cela pourrait changer du jour au lendemain.
Un nouveau format sans brevet, répondant au nom de Ogg Vorbis, a été proposé pour pallier à ce problème, et est en cours de finalisation. Les développeurs de Ogg Vorbis affirment n'avoir utilisé aucun algorithme breveté par FI. Cependant, le doute subsiste, et même s'ils disent vrai, FI pourrait faire valoir le contraire devant un tribunal, ou simplement laisser pendre la menace de procès pour décrédibiliser le format.
Le même scénario s'est produit il y a quelques années avec un brevet couvrant l'encodage d'images au format gif par la société Compuserve (maintenant rachetée par America On-Line. L'alternative proposée s'appelle png, mais les fichiers gif sont encore très répandus), ou avec l'algorithme d'encryption PGP (Pretty Good Privacy) (l'alternative s'appelle GPG, ce qui signifie GNU Privacy Guard).
Les brevets sur les logiciels sont une aberration législative issue du lobbying des bureaux des brevets. Loin d'aider à protéger la propriété intellectuelle, leur conséquence est plutôt de ralentir l'innovation technologique, ce qui est arrivé aux États-Unis ce 5 à 10 dernières années. S'ils donnent plus de travail aux avocats, ils suspendent une épée de Damoclès au-dessus du lit de chaque développeur, particulièrement des développeurs de logiciels libres (qui sont plus transparents, et qu'il est impossible de retirer du marché). La validité des brevets sur les logiciels en Europe sera décidée par le parlement européen à la fin de cette année civile.